Biserica Franciscana de astazi a fost la inceputurile sale, in evul mediu, Manastirea Clariselor, apartinand unui sever ordin de calugarite. Dupa reforma luterana, manastirea a fost desfiintata, iar biserica a fost utilizata vreme indelungata ca depozit de cereale, deteriorandu-se treptat.
     In anul 1716, generalul comandant de atunci, contele Stefan Steinville, a reusit sa obtina de la conducerea orasului aprobarea ca calugari ai Ordinului Franciscan sa se stabileasca in oras. Biserica si Manastirea Clariselor de odinioara au fost redate calugarilor franciscani. Pe data de 13 iunie 1716, la sarbatoarea Sfantului Anton de Padua, in biserica modest amenajata a putut fi celebrata, pentru prima data dupa reforma, sfanta liturghie de catre Superiorul Manastirii P. Anton Schirner.
     Biserica de provenienta gotica a fost barocizata, iar manastirea a fost de numeroase ori modificata si largita. In biserica se afla o valoroasa statuie a Madonei in stil gotic.
     Calugarii franciscani se ocupau de pastoratie si erau foarte indragiti de credinciosi. In 1949, in timpul regimului comunist manastirea a fost desfiintata, calugarii franciscani au fost deportati intr-un lagar, iar cladirea a fost in mod abuziv confiscata, nefiind retrocedata bisericii pana in prezent.
     Pe peretele nordic al corului se pastreaza un epitaf al contelui Hugo von Virmond datand din 1722. Biserica are si o cripta cu morminte care nu este deschisa publicului si are in colectie o valoroasa sculptura in lemn reprezentand pe Madona cu pruncul din sec. XV, care nu se afla expusa.